高清3D基因組相互作用圖生成-當(dāng)前快播
【資料圖】
科技日報北京5月8日電 （記者張佳欣）人類基因組的很大一部分是由調(diào)控區(qū)域組成的，這些區(qū)域控制著細胞內(nèi)哪些基因在給定的時間表達。確定這些調(diào)控因子與哪些基因相互作用，有助于研究人員了解疾病是如何發(fā)生的并找到治療方法。據(jù)8日《自然·遺傳學(xué)》雜志報道，美國麻省理工學(xué)院研究人員使用一種新技術(shù)，能以高于此前100倍的分辨率繪制這些相互作用圖。
研究人員表示，使用這種方法，他們生成了有史以來最高分辨率的3D基因組圖譜，看到了前所未見的增強子和啟動子之間的大量相互作用。
研究團隊首先利用了名為Micro-C的較新技術(shù)。然而，Micro-C成本高昂，且仍未達到足夠高的分辨率來識別特定相互作用的類型。
因此，該團隊設(shè)計了一種對基因組相互作用進行更有針對性的測序方法，由此一來，可能的基因組位點數(shù)量大大減少，測序成本降至約1000美元。這種名為“區(qū)域捕獲微型C（RCMC）”的新方法能夠以極低的成本生成比其他已知技術(shù)詳細100倍的圖像。
在測序中，研究人員關(guān)注了5個大小不等的區(qū)域，從數(shù)十萬到大約200萬個堿基對。其中包括一種名為Sox2的特征明確的基因，它在胚胎發(fā)育過程中的組織形成中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。
在對目標(biāo)DNA片段進行測序后，研究人員發(fā)現(xiàn)了許多與Sox2相互作用的增強子，以及附近基因和增強子之間的相互作用。在其他區(qū)域，尤其是那些充滿基因和增強子的區(qū)域，一些基因與多達50個其他DNA片段相互作用，平均每個相互作用點與大約25個其他DNA片段相互作用。
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來源：科技日報
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